ああ、でも、私のやり方でも３桁以上がヒットしてしまう（大汗）。
最初に行う置換は
「\([^0-9\n]\)\([0-9][0-9][0-9]\)\([^0-9\n]\)」→「\1\2★\3」
でしょうか。なんか初心者質問掲示板から離れてしまい、すいませんでした。