島田です。かぶねこさんへ。
もう解決したようなので余計なツッコミになってしまいますが、
お気を悪くされなければ幸いです（汗）。

>数字を 3 桁と 4 桁のみに限りたいのであれば、まず 3 部分について
>「\([0-9][0-9][0-9]\)」を「\1★」で置換した後、
これでは 6 桁以上の数字も置換されてしまいますよね。
では、どうすればいいのか……。
「\([0-9][0-9][0-9]\)\([^0-9]\)」を「\1★\2」で置換すればよいかというと、
それだと文中に出てきた 3 桁数字は置換されますが、
単独で 3 桁の数字だけが書かれている行はダメでした。
上記の置換後、「\([0-9][0-9][0-9]\)$」でやり直さなければならない……。
何かもっとスムーズに行く方法はないのか、
私もよく悩んでしまう正規表現での置換問題です。